次頁同月20日，内閣府において，災害対策関係省庁連絡会議を開催し，災害対策に万全を期すことを確認した。また，翌21日には災害対策基本法に基づく非常災害対策本部（平成16年台風第23号非常災害対策本部，本部長：防災担当大臣）を設置した。同日に第１回本部会議を開催し，政府調査団を派遣することを決定するとともに，行方不明者の捜索救助に全力をあげること等の決定事項に基づいた災害応急対策に関する基本方針を決定した。同月22日に防災担当大臣を団長とする政府調査団を兵庫県，京都府に派遣し，内閣府副大臣を団長とする政府調査団を香川県，岡山県へ，農林水産副大臣を広島県へ，国土交通大臣を兵庫県へ，国土交通副大臣を高知県へ派遣した。さらに，同月27日には内閣総理大臣による現地視察を実施した。
なお，現在も引き続き行われている主な復興事業等については以下のとおりである。
（１）河川復旧事業など
豊岡市等の広域に渡る浸水被害のあった円山川，出石川の２箇所の破堤箇所（立野地区・鳥居地区）においては，本復旧工事を平成17年６月15日に完了し，必要な区間において緊急的な堤防嵩上げ等の対応を行った。現在，再度災害防止に向けた河川改修を実施している。また，バス水没，家屋浸水被害のあった由良川下流域（舞鶴市など）においては，輪中堤の整備を推進し，河川情報を住民や関係機関に迅速，的確に伝えるため，Ｅメールによる緊急情報配信システムや水位情報表示板等の整備を行った。現在，再度災害防止に向けた河川改修を実施している。
（２）被災者の生活再建等の支援
災害救助法に基づく住宅の応急修理について1,883世帯に実施し，応急仮設住宅についても12戸の建設を行った。さらに，自宅の被災や生活環境の変化により，支援が必要な高齢者，障害者等が生じたため，兵庫県では，関係団体等に要請し，自宅や避難所で生活することが困難な者に対して，ショートステイ（短期入所）の利用定員を超えた緊急受け入れを行った。被災者生活再建支援法については，家屋の浸水被害の状況等を踏まえ住宅被害の認定に係る弾力的な運用について各都道府県知事等あてに通知を行い，平成18年３月31日までに1,213世帯約７億７千万円の支援金を支給した。
生活福祉資金の貸し付けについては，被災した低所得世帯等が借り受ける場合は据置期間を延長する措置など各種支援を行った。